Der Duft von Atlaszeder besteht hauptsächlich aus Sesquiterpenen wie Cedrol, Himachalene und Atlantone. Diese Moleküle besitzen komplexe Kohlenwasserstoffstrukturen mit mehreren Kohlenstoffringen, die zum holzigen und leicht rauchigen Aroma beitragen. Aufgrund ihres relativ hohen Molekulargewichts und ihrer geringen Flüchtigkeit wirkt der Duft in der Parfümerie als stabile und langanhaltende Basisnote.